En la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán, la investigación científica se ha venido desarrollando desde sus inicios en su antecesora Escuela Superior del Profesorado Francisco Morazán creada en 1956. En esa época, los estudiantes realizaban un trabajo de investigación como requisito para la obtención del título de Profesor de Educación Media en las diferentes especialidades: Ciencias Sociales, Ciencias Naturales, Letras y Lenguas, Ciencias de la Educación y Matemáticas. Esta actividad era acompañada por los docentes a través de la asesoría en el contenido teórico y metodológico de los temas abordados.

En 1975 se creó el Departamento de Investigación y Planificación Educativa con el propósito de coordinar estas actividades, con lo cual la asesoría a los estudiantes se ofrecía a través de dos docentes, uno del departamento académico al que pertenecía el estudiante y otro asignado por el departamento recién organizado. Con la conversión en Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán el 14 de diciembre de 1989, se asumieron las tres funciones esenciales de la universidad: docencia, investigación y extensión.
En ese propósito, se crea la Dirección de Investigación – en sustitución del Departamento de Investigación y Planificación Educativa. En ese sentido Alas y Moncada (2011) señalan que la recién creada Dirección, “reorientó su actividad hacia la definición de políticas y programas de investigación, el desarrollo de investigación solicitada por la Secretaría de Educación para orientar la toma de decisiones en política educativa, la búsqueda de una estructura organizativa que permitiera la vinculación con las unidades académicas a través de la cual se desarrollarán acciones de capacitación en investigación a docentes voluntarios de los departamentos académicos y de los centros universitarios de Educación a Distancia y Regional de San Pedro Sula, así como la participación en concursos regionales e internacionales de investigación educativa” (Pág. 11-13).

CREACIÓN DE LA VICERRECTORÍA DE INVESTIGACIÓN Y POSTGRADO (VRIP)
La Vicerrectoría de Investigación y Postgrado tiene su origen en lo explícito en el artículo 15 de Estatuto de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán aprobado mediante acuerdo N° 961-144-2002 y publicado en el Diario Oficial La Gaceta el 27 de abril del 2002; en donde se establece que la Rectoría contara con un Rector y cuatro Vicerrectorías, definiendo que una de ellas será: la Vicerrectoría de investigación y Postgrado (VRIP), estableciendo requisitos y temporalidad para poder optar a este cargo en los artículos 17 y 18 del mismo estatuto.
En ese propósito, en el capítulo II de las Disposiciones Transitorias, específicamente, el artículo 158 del referido Estatuto establece: “a partir de la aprobación del presente Estatuto, la Rectoría tendrá un plazo de tres años para planificar, organizar y reglamentar el funcionamiento de la Vicerrectoría de Investigación y Postgrado”. Es así, como en el año 2002, se nombra una comisión, según Acuerdo de Rectoría número 12-02-832, para elaborar el plan de creación de la VRIP, el cual se presentó a las autoridades correspondientes, para posteriormente organizar y reglamentar la VRIP y sus dependencias.
Como parte del desarrollo institucional, en junio del año 2005, entra en funciones la Vicerrectoría de Investigación y Postgrado “VRIP”, la cual inicialmente se organizó en tres Direcciones: el Instituto de Investigación y Evaluación Educativa “INIEED” que luego amplio su denominación a Instituto de Investigación y Evaluación Educativas y Sociales “INIEES”, la Dirección General de Postgrado (DGP) y el Centro de Investigación e Innovación Educativas (CIIE), el cual, a partir del año 2014 pasa a ser dependencia de la Vicerrectoría Académica (VRAC).