La Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán será para el final de la primera década del siglo XXI una institución cuyo planta docente estará formada para realizar investigación sólida de reconocimiento nacional, regional e internacional en todos los campos del saber y específicamente en el ámbito educativo, con capacidad para establecer equipos interdisciplinarios de investigación, instrumentar las innovaciones tecnológicas, fomentar la cultura de investigación en el pregrado y postgrado y difundir los resultados para su utilización en todos los niveles de la educación nacional.