Actualmente de la VRIP dependen jerárquicamente: la Dirección de Postgrado, el Instituto de Investigación y Evaluación Educativas y Sociales “INIEES” y Recientemente se agregó la Coordinación del Observatorio de la Educación Nacional e Internacional “OUDENI”.

• Dirección de Postgrado “DPG”: “Unidad responsable de planificar, desarrollar y dar seguimiento a las políticas para este nivel, que conduzcan al crecimiento y fortalecimiento del postgrado” (artículos 116 Reglamento del estatuto UPNFM). La DPG Administra los estudios de postgrado procurando formar profesionales de alto nivel académico, con competencias docentes investigativas para los distintos niveles del Sistema Educativo Nacional y Contribuir con el estudio y solución científica de los problemas nacionales, regionales y universales de orden educativo, económico, social, político, cultural y tecnológico.
• El Instituto de Investigación y Evaluación Educativas y Sociales “INIEES”: Unidad académica “dedicado en forma sistemática con una visión integral y desde una perspectiva interdisciplinaria y transdisciplinaria a investigar en el ámbito educativo nacional, regional e internacional” (artículo 04 Reglamento del INIEES), tiene como propósito fundamental realizar investigación científica en el campo de la educación y las Ciencias Sociales, además de contribuir a la producción de conocimiento científico, con el objetivo de alcanzar los más altos niveles de excelencia académica, dentro de la pluralidad de ideas y el respeto a las diferencias étnicas, culturales y religiosas.
• Observatorio Universitario de la Educación Nacional e Internacional “OUDENI”: Tiene como finalidad recoger, sistematizar, analizar y proveer datos educativos que contribuyan al mejoramiento continuo de la calidad de la educación, en Honduras y en la región. Su objetivo general es la gestión de conocimientos científicos que aportan a la resolución de problemas en el campo educativo, sea a nivel local, departamental, regional, nacional o internacional, generando la difusión y administración de conocimiento; y finalmente, el monitoreo permanente de los indicadores educativos seleccionados para apoyar el diseño, implementación y evaluación de políticas públicas en educación (artículos 01 y 02 del Reglamento del OUDENI).

Consejos, Comité y Comisiones:

• Consejo de Estudios de Postgrado: Según Reglamento, los Estudios de Postgrado estarán dirigidos por un Consejo de Estudios de Postgrado y por el Director de Postgrado, bajo la responsabilidad de la Vice Rectoría de Investigación y Postgrado. Este consejo, tiene como funciones primordiales la de establecer la política para el desarrollo de los Postgrados y Promover, organizar, coordinar, evaluar y orientar las actividades de los Estudios de Postgrado entre otras (artículos 08,09 y 10 REPG).
• Comité de ética de la Investigación: Creado para hacer efectivas las políticas institucionales relativas a la ética de investigación, dentro de sus funciones está la revisión de proyectos y artículos de investigación y emitir informes y dar orientaciones y/o sugerencias para la aplicación y fortalecimiento de las buenas prácticas en el proceso de investigación, de igual manera velar por el cumplimiento de los principios éticos en los proyectos de investigación, así como dictaminar la suspensión de proyectos reñidos con la ética en la investigación (artículos 04 y 07 REI).
• Junta Directiva del Fondo de Apoyo a la Investigación. Instancia establecida para Aprobar, en primera instancia, la normativa para la gestión del Fondo de Apoyo a la Investigación y apoyar la gestión de recursos nacionales e internacionales para el FAI. Dar seguimiento a los proyectos y enviar, según corresponda, los informes técnicos y financieros para documentar el avance y finalización de proyectos (artículo 04 y 05 RFAI).
• Comité Técnico de Gestión del Fondo de Apoyo a la Investigación: Organismo técnico creado para desarrollar acciones para la gestión del Fondo de Apoyo, evaluar propuestas presentadas y dictaminar la correspondencia de solicitud y de asignación del apoyo financiero de las propuestas presentadas, de acuerdo con los requisitos establecidos, y elevarlas a la Junta Directiva para su aprobación, dar seguimiento a los proyectos de investigación financiados por el Fondo de Apoyo a la Investigación y presentar los informes respectivos a la Junta Directiva (artículo 04, 06 y 07 RFAI).